A comienzos de mayo de 1812, había llegado a Jujuy como nuevo jefe del Ejército Auxiliar un abogado y economista porteño, militar por necesidades de la revolución, Manuel Belgrano, a quien se le encargó la reorganización de las tropas deshechas en Huaqui.
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A comienzos de mayo de 1812, había llegado a Jujuy como nuevo jefe del Ejército Auxiliar un abogado y economista porteño, militar por necesidades de la revolución, Manuel Belgrano, a quien se le encargó la reorganización de las tropas deshechas en Huaqui.
La situación con la que se encontró Belgrano era dramática, no sólo por el estado del ejército, hambriento, sin armas, desmoralizado y con una gran cantidad de heridos y enfermos, además de la falta de dinero con que hacer frente a tantas necesidades. A eso había que sumar la decepción de los pueblos que, como dice Belgrano en una comunicación al Gobierno de Buenos Aires, dejaban ver quejas, lamentos, frialdad, total indiferencia y hasta "odio mortal" hacia los porteños, a los que se miraba como conquistadores, más que como libertadores de la opresión española.
Los dos años de revolución habían traído también una crisis de grandes proporciones al interrumpirse el comercio con el Alto Perú, que constituía la principal actividad económica de jujeños y salteños. Además, los pueblos tenían que aportar al sostenimiento de las tropas, lo que agravaba el problema.
Este era el cuadro en el mes de mayo de 1812, cuando Belgrano convirtió a Jujuy en un gran cuartel general donde se fabricaban armas y municiones, se reclutaba, disciplinaba y equipaba tropa y se montaba un hospital para atender a los heridos.
"Fue ese 25 de mayo de 1812 en la plaza de Jujuy la primera vez que la bandera de la nueva nación recibía el juramento del Ejército y del pueblo, lo que significaba asumir el compromiso de defenderla con la propia vida si fuera necesario"Consciente del desánimo que reinaba en la población y en el Ejército, Belgrano tuvo un gesto muy importante para fortalecer el espíritu de toda esa gente agobiada por las desgracias de la guerra. En una ceremonia de gran solemnidad, hizo bendecir y luego jurar la bandera celeste y blanca que había enarbolado unos meses antes en el Rosario, y declaró que aquella enseña distinguía a ese pueblo de los demás pueblos del mundo. Fue ese 25 de mayo de 1812 en la plaza de Jujuy la primera vez que la bandera de la nueva nación recibía el juramento del Ejército y del pueblo, lo que significaba asumir el compromiso de defenderla con la propia vida si fuera necesario, en un reconocerse como hombres y mujeres pertenecientes a un país independiente.
Pero una aterradora noticia vino a oscurecer los ánimos nuevamente: en Cochabamba, los realistas habían reprimido sangrientamente a mujeres del pueblo que, atrincheradas en la colina de San Sebastián, se negaban a entregar la ciudad al furor del brigadier Goyeneche. Los detalles del terrible episodio se conocieron en Jujuy a través del testimonio del soldado Francisco Turpín, quien había escapado de los realistas y declaró haber presenciado la matanza de las cochabambinas.
Con lo de Cochabamba, ya no quedaban dudas acerca de las intenciones de los ejércitos virreinales y en julio, contando con información que indicaba que el enemigo se acercaba, Belgrano tomó la decisión de abandonar Jujuy para poner a salvo a su ejército ante la imposibilidad de hacer frente a las fuerzas el Rey, numérica y logísticamente superiores.
Era esa la instrucción impartida por el Gobierno de Buenos Aires, que le había ordenado no sólo retrogradar sino ir privando al enemigo de cuantos recursos podrían favorecer sus marchas, es decir, llevar a cabo la estrategia de "tierra arrasada" que consistía en evitar que los invasores puedan reabastecerse de ganados, forrajes y víveres a su paso por las poblaciones.
Lo que no le habían ordenado las autoridades porteñas al jefe patriota era llevarse a la población civil, problema que evidentemente no estaba entre las preocupaciones del gobierno central. Así queda en evidencia en las instrucciones al general donde luego de ordenar la instrumentación de "tierra arrasada", se dice que: "La Patria es preferible a las lágrimas de los que se quedan infelices por medidas de tal naturaleza".
Correspondencia con funcionarios de Buenos Aires da cuenta de la clara oposición del general Belgrano a desamparar a los pueblos y dejarlos librados a las represalias del enemigo, lo que explica su significativa decisión de sumar los vecinos a la operación de repliegue que en principio dirige hacia Tucumán y que quedó en la historia como el "Éxodo Jujeño".