De los ambientes que protege el Parque, la selva pedemontana ocupa sectores marginales en las áreas más bajas (550-700 msnm). Aquí se encuentran especies como el cebil colorado, la tipa blanca y el lapacho rosado. En la franja altitudinal superior (700-1500 msnm) aparece la selva montana que en gran parte es una nimbosilva, la cual ocupa la mayor superficie del Parque Calilegua. Esta selva se caracterizada por la presencia de laurel, ceibo, cedro colla y cebil blanco u horco cebil.
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De los ambientes que protege el Parque, la selva pedemontana ocupa sectores marginales en las áreas más bajas (550-700 msnm). Aquí se encuentran especies como el cebil colorado, la tipa blanca y el lapacho rosado. En la franja altitudinal superior (700-1500 msnm) aparece la selva montana que en gran parte es una nimbosilva, la cual ocupa la mayor superficie del Parque Calilegua. Esta selva se caracterizada por la presencia de laurel, ceibo, cedro colla y cebil blanco u horco cebil.
En las laderas de los cerros, por encima de los 1500-1600 metros sobre el nivel del mar, se encuentra una franja de bosque montano, correspondiente a menos del 10% de la superficie del Parque. Allí se destacan los bosques de pino del cerro y aliso del cerro.
En cuanto a la fauna, aparte del yaguareté, están preservados otros felinos como el yaguarundí, el ocelote, gato del pajonal y el puma.
El tapir o anta es el mayor de los mamíferos de las yungas y es posible observar sus huellas impresas en el lodo de las orillas de ríos y lagunas. Una de las actividades que suelen ser más frecuentes es el avistaje de aves como el cóndor, tucán, yapu, zorzalito overo, urraca común, carpintero lomo blanco, ermitaño canela, taguató común.
Con un poco de suerte también se podrá divisar alguno de los escurridizos mamíferos, tal es el caso de monos, acuties, osito lavador o mayuato, ciervo taruca, pecaríes, corzuela colorada, zorro del monte, mayuato, carpincho, hurón mayor, coatí, gato montés, lobitos de río.