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El 8 de setiembre de 1820 desembarcó la escuadra del Ejército Libertador del Perú en las bahías arenosas del sur de Lima. San Martín se proponía hostigar desde las costas al ejército español, cerrándole los puertos y obligándolo a negociar. Para ello envió a las costas del Callao al almirante Cochrane, que evitó las comunicaciones con el norte del Perú. La falta de decisión del virrey y el descontento de los generales españoles, obligó su renuncia, siendo reemplazado por de La Serna.
El sitio de la ciudad de Lima se hacía insostenible para la tropa hispana. Una negoción en Punchauca que fracasó, dejó a San Martín y a su ejército en inmejorable posición con el virrey en situación de retiro. El 12 de julio de 1821 se produjo la gloriosa entrada del Libertador a Lima. Al ingresar a la ciudad, rechazando todo tipo de homenajes y solemnidades, dio a conocer sus propósitos: "Mi intención es dar al pueblo los medios de proclamar su independencia y establecer el gobierno que le convenga, hecho esto consideraría terminada mi misión y me retiraré".
La entrada estuvo jalonada por numerosas y efusivas muestras de afecto y admiración. Posteriormente solicitó al Cabildo que convocara a una junta de vecinos y se definiese la actitud que habría de adoptarse. Así se hizo, y el 15 de julio en cabildo abierto los vecinos convinieron "que la voluntad general estaba decidida por la independencia del Perú de la dominación española y de cualquier otra extranjera". Firmada el acta por los presentes, estuvo expuesta para todos los que desearan conocerla. San Martín, ante la decisión capitular, dispuso que el día 28 de ese mes se llevaría a cabo la jura solemne de la Independencia.
El día señalado, la ciudad entera se volcó a las calles, en una jornada festiva y colorida, con un pueblo alborozado, en la Plaza Mayor San Martín tomó el pabellón nacional y levantándolo dijo: "Desde este momento el Perú es libre e Independiente por voluntad general de los pueblos y por la justicia de su causa que Dios defiende".
Posterior a las celebraciones, un decreto del 2 de agosto de 1821, consagraba al Libertador Protector del Perú. Así comenzaba la labor ejecutiva y de modernización de aquel territorio.
El papel de San Martín como Protector del Perú, es complejo, pero, en su conjunto tiene la unidad del carácter del hombre, de sus ideas políticas y de sus vistas americanas.
La obra reformadora del Perú que lleva el nombre de San Martín fue grande y fecunda, como hombre de progreso, animado del anhelo del bien público, con ideas liberales, aparte de lo que era de su especialidad en el orden militar y, además, la mayor responsabilidad ante la historia respecto de las instituciones o trabajos políticos que respondían a un plan de organización gubernamental, a cuyo servicio puso conscientemente su poder de acuerdo con sus ministros y con su Consejo de Estado.
El primer semestre del protectorado de San Martín en el Perú ha quedado como la base fundamental de su organización administrativa y de su constitución política. Por eso ha merecido el título de "Fundador de la libertad del Perú", que la gratitud póstuma le ha dado con justicia.
Le faltaba al Perú independiente el poder de las armas: no tenía Ejército. Una de las primeras preocupaciones de San Martín fue darle un ejército nacional. Creó con el nombre de Legión Peruana una división de naturales del país, compuesta por un regimiento de infantería al mando de Miller, otra de caballería, al mando de Brandzen, y una compañía con cuatro piezas.
Se organizó la hacienda pública y reformó el sistema colonial de comercio, pagando empero su tributo a las erróneas ideas económicas de la época de que estaba imbuido el ministro Hipólito Unanué.
En el orden social, abolió el servicio personal de los indígenas, los tributos de capitación, las encomiendas, los repartimientos y las mitas, "como un atentado contra la naturaleza y la libertad". Se declaró la libertad de vientres, emancipando los esclavos (cuyo número llegaba a 40.000). Se esperaba que estos tomasen las armas defendiendo la libertad.
Se abolieron los tormentos y se prohibieron las penas trascendentales. La inviolabilidad del domicilio fue consagrada como "base de buen gobierno".
Otra medida muy adelantada para su época fue la prohibición de los azotes a los alumnos en los establecimientos educativos.
Así también fundó una biblioteca nacional, repitiendo el Libertador de los Andes el acto que ha vinculado su nombre en Cuyo, Chile y el Perú a la difusión de las luces por medio del libro. La libertad de imprenta fue organizada, aboliendo la censura previa, sin más restricciones que las que reclamaban las circunstancias, pero sometiendo en todo caso la calificación y el juicio a la deliberación del jurado.
Como Protector del Perú, San Martín mandó hacer desaparecer las armas de la monarquía española y todos los signos de su dominación en América "como símbolos de esclavitud" autorizando a todos los ciudadanos para destruirlos, al mismo tiempo que declaraba subsistentes los títulos de Castilla en el Perú para la nobleza peruana.
Estas ideas, con sus fórmulas y fundamentos teóricos, eran importaciones de la revolución argentina, de la que Bernardo de Monteagudo había sido colaborador en el Río de la Plata.
En lo legislativo, San Martín dictó un nuevo "Estatuto Provisional" que resumía todas las facultades y derechos en que el Protector se daba su propia regla, ofreciendo, según sus palabras "lo que juzgaba conveniente cumplir, nivelando los deberes del gobierno con la ley de las circunstancias para no exponerse a faltar a ellos".
Consagraba en términos absolutos las garantías individuales, mantenía la institución de las municipalidades por elección popular, creaba un Consejo de Estado con voto consultivo; confirma y fundamenta la administración de la justicia independiente "como una de las garantías del orden del orden social" protestando que el poder ejecutivo "se abstendría de mezclarse jamás en las funciones judiciales, porque su independencia era la única y verdadera salvaguardia de la libertad del pueblo, pues nada importaban las máximas liberales, cuando el que hace la ley es el que la ejecuta y aplica".
Se reconocían todas las deudas del gobierno español que no hubiesen sido contraídas para esclavizar al Perú u hostilizar a los pueblos independientes de América. Quedaban en su fuerza y vigor las leyes preexistentes en cuanto no contrariasen la independencia del país y las formas del estatuto.
En otro orden de cosas, nadie podía ser privado de sus derechos garantidos sino por sentencia de autoridad competente conforme a las leyes, es de notar que en una época de revolución, en que las pasiones de la lucha estaban encendidas, se declarase que "por traición sólo se comprendía conspirar contra la independencia, y por sedición, reunir fuerzas armada para resistir las órdenes del gobierno, conmover el pueblo o parte de él con igual fin, sin que nadie pudiese ser juzgado como sedicioso por opiniones políticas".
El Protector juró públicamente el estatuto, empeñando su honor de cumplirlo fielmente. Hasta que. Declarada la independencia en todo se territorio, se convocara un congreso general que estableciera la constitución permanente según la voluntad de la nación.
San Martín expresó: "Con estos sentimientos, me atrevo a esperar que podré devolver en tiempo el depósito que se me ha encargado, con la conciencia de haberlo mantenido fielmente. Si después de libertar al Perú de sus opresores, puedo dejarlo en posesión de su destino, consagraré el resto de mis días a contemplar la beneficencia del grande Hacedor del universo, y renovar mis votos por la continuación de su próspero influjo sobre la suerte de las generaciones venideras". Este plan elemental de organización política, sin forma de gobierno definida, ni más principio fundamental que la independencia como hecho, la división de los poderes como teoría y la proclamación de la soberanía popular como base del derecho constitucional era el esbozo de una democracia en embrión, dentro de cuyos vagos lineamientos pero una base para construir la república.
La autoridad de San Martín como Protector del Perú reposaba sobre dos bases: una de fuerza que se sustentaba en el ejército argentino- chileno, que constituía el núcleo de su poder militar; la otra de carácter moral, que era la opinión del Perú, que hasta entonces sólo había intervenido como auxiliar de la acción revolucionaria, y que al tomar consistencia empezaba a vislumbrarse una marcada tendencia nacional.
El ejército de los Andes con el que San Martín libertara a Chile, impregnado del espíritu de la revolución argentina se inoculó desde un principio, y con él, la pasión americana de su creador, identificándose con sus planes y su fortuna, y le fue constantemente fiel desde Mendoza hasta Rancagua.
El Ejército de Chile, vaciado en el mismo molde del de los Andes, para servir a los mismos propósitos, recibió el mismo sello típico. Ambos ejércitos, formaron el Ejército Unido, creación de carácter internacional, con proyecciones americanas. Trasladados esos ejércitos al Perú, obedecieron a la idea inicial de la alianza argentino-chilena, y prevaleció en ellos el sentimiento americanista e internacional. Así, lejos de su patria continuaron como auxiliares.
Tal era la constitución americana que San Martín les dio a sus ejércitos al inocularles una pasión para servir a un gran propósito, y esto explica su cohesión en países extraños, en la buena como en la mala fortuna. En palabras del Protector: "La política que me propuse seguir, fue mirar a todos los Estados americanos en que las fuerzas de mi mando penetraran, como Estados hermanos interesados en un mismo y santo fin. Consecuente a este justísimo principio, mi primer paso era hacer declarar su independencia y crearles una fuerza militar propia que la asegurase".
Está claro que hasta entonces habían bastado para mantener la cohesión del ejército argentino- chileno, la pasión por la independencia y el amor a la gloria, combinándose en ella el patriotismo con el americanismo. Jamás el oro entró en las expectativas de esa tropa aguerrida.
A ciento setenta y cinco años de su fallecimiento, San Martín sigue siendo el arquetipo de militar y estadista, ejemplo para toda la ciudadanía y su dirigencia.