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La Junta de Estudios Históricos de Catamarca fue fundada el 15 de mayo de 1936, por destacadas figuras de la cultura de la época, siendo sus miembros fundadores los doctores Pedro Ignacio Acuña y Alfonso M. de la Vega, el ingeniero Cornelio Sánchez Oviedo, Monseñor Pedro M. Oviedo, los frailes Antonio de Jesús Lobo y Salvador Narváez y el director de la escuela Normal de Regional José Florencio Segura. Su objetivo fue el estudio de la Historia de la provincia "…salvar del olvido la rica tradición…que había tenido dignos cultores…. cuidar los archivos…publicar los documentos orientadores de nuestra historia…".
La institución vio la luz en el convento franciscano de la ciudad de San Fernando del Valle de Catamarca, en la humilde celda que ocupara fray Mamerto Esquiú. El historiador Armando Raúl Bazán, de relevante labor en la institución, en Crónica de medio Siglo (1986), dice sobre su fundación "…el mérito…fue compartir una idea de jerarquizar el ambiente cultural… una idea grande nacida en una pequeña ciudad provinciana, con menos de treinta mil habitantes…". La Junta de Estudios Históricos de Catamarca es la primera institución de este carácter, que se crea en el antiguo noroeste argentino y tercera en el contexto nacional.
Sus fundadores poseían el anhelo de dar continuidad a la labor que habían iniciado figuras notables, como el humanista Samuel Lafone Quevedo, Adán Quiroga con aportes históricos, arqueológicos y folklóricos, Manuel Soria y el padre Lourdista Antonio Larrouy.
Fue la tercera Junta de Estudios Históricos formada en el país, luego del Instituto de Investigaciones Históricas de la Universidad de Buenos Aires y el Departamento de Historia de la Universidad de La Plata. En 1941 aparece el "Primer Boletín de la Junta", dirigido por el Dr. Alfonso de la Vega.
Uno de los fundadores, Monseñor Pedro M. Oviedo, presbítero nacido en Andalgalá, provincia de Catamarca, el 23 de enero de 1873, fue un investigador y escritor que firmaba con el seudónimo Ricardo Risch. Sus libros: "Distrito escolar de Andalgalá". "Andalgalá". "Recuerdos viejos", tradiciones y leyendas de Catamarca, 1901. "Rosa Constancia de Castro", apuntes para una novela histórica, 1927. "El zonda – Tradiciones y leyendas catamarqueñas", 1930. Un magnífico recopilador de coplas, mitos y costumbres del pueblo catamarqueño.
Entre 1938 y 1944, Pedro Oviedo presidió esta institución señera, inspirada en la obra y el espíritu de Fray Mamerto Esquiú y en la memoria colectiva de la provincia.
El Concejo Deliberante de la ciudad San Fernando del Valle de Catamarca rindió el 6 de abril de 2016 un homenaje a los 80 años de la creación de la junta.
En 2007, en el transcurso de las XI Jornadas de Historia, organizadas por la Universidad Nacional de Tucumán, en un enjundioso discurso académico, María del Valle Barrionuevo, de la Universidad Nacional de Catamarca sostuvo: "Los que escribieron la historia de Catamarca como integrantes de la Junta de Estudios Históricos en los primeros años de la publicación del Boletín, se advierte de su lectura que las indagaciones fueron realizadas sobre la base de la concepción positivista de abordar críticamente el documento escrito incorporando actas capitulares y, en algunos casos documentos provenientes del Archivo de Indias, con mínima intervención interpretativa por parte de los investigadores. La expansión temática estuvo referida a las figuras sobresalientes en la vida política y en el ámbito eclesiástico, carecían de la perspectiva metodológica para analizar los procesos económicos y sociales, propuestas que se concretan con la incorporación de las nuevas generaciones de investigadores influenciados por las problemáticas de las disciplinas tales como la lingüística, la arqueología, el folclore, la vida social, permitiendo así una producción más integral".